Na farmacopéia oficial, os métodos de avaliação geral, química e biológica são relatados. Mas a farmacognosia também emprega métodos muito mais sofisticados, como espectroscopia e cromatografia.
A avaliação da qualidade dos fármacos do ponto de vista químico proporciona um acentuado aprofundamento, peculiar à capacidade analítica dos instrumentos utilizados; por outras palavras, um fármaco é avaliado com base na quantidade e qualidade dos princípios activos nele contidos, que são determinantes de um modo analiticamente preciso, graças a instrumentos cromatográficos extremamente precisos. Entre estas técnicas cromatográficas encontramos: cromatografia gasosa, massa gasosa, HPLC (cromatografia líquida em coluna), cromatografia de troca iônica e cromatografia em placa (TLC, HPTLC). São todas metodologias que utilizam o princípio cromatográfico na avaliação quantitativa das substâncias químicas presentes em um fitocomplexo. Portanto, esses instrumentos permitem avaliar a droga como fitocomplexo, a quantidade e a qualidade das classes químicas individuais, sua proporção e a quantidade do ingrediente ativo caracterizante.
Para avaliar o fitocomplexo, é importante adotar as estratégias mais adequadas para sua extração, pois não há um método analítico que não tenha sido precedido por uma extração. As extrações são necessárias ao farmacêutico-farmacêutico para avaliar o fármaco ou, eventualmente, obter elementos de uso desse fármaco, que podem ser diretamente introduzidos no setor terciário. Os métodos de extração permitem obter aquelas categorias de princípios ativos que são considerados importantes na classificação qualitativa do medicamento, ou extrair seletivamente uma ou mais categorias que são consideradas uma expressão de sua atividade.
Os princípios ativos, geralmente, são moléculas de glicosídeos, alcalóides, terpenos, antraquinonas; todos os metabólitos secundários que são uma expressão da biologia relacional do organismo; No entanto, existem também moléculas derivadas do metabolismo primário de interesse para a saúde, como carboidratos (amido e seus derivados, celulose e seus derivados), proteínas e, em particular, enzimas proteolíticas (papaína ou bromelaína).
Antes de prosseguir com uma extração de ingredientes ativos de um medicamento, é necessário considerar a caracterização físico - química deste último; em outras palavras, antes de extrair um ingrediente ativo é preciso conhecer bem sua natureza química em termos de polaridade, porque o processo extrativo é essencialmente reduzido à associação de um solvente adequado à droga. Este solvente, sendo quimicamente similar ao princípio a ser extraído, seletivamente retira-o do fitocomplexo remanescente; quanto mais esta afinidade química é acentuada e a extração ocorrerá ("o semelhante dissolve o semelhante"). Por conseguinte, é essencial saber, do ponto de vista fitoquímico, o princípio a extrair, para associar o solvente ou a mistura de solventes com os quais é mais semelhante.
