Além das medidas individuais de proteção e controle ambiental do portador, a encefalite japonesa pode ser prevenida pela vacinação.
A vacina Ixiaro, já aprovada pela FDA (Food and Drug Administration) nos EUA e autorizada pela EMEA (European Medicines Agency), é administrada por via intramuscular na região deltóide (braço), em duas doses, a segunda de que é inoculado 4 semanas após o primeiro. Para uma boa imunização ativa, o ciclo de vacinação deve ser completado pelo menos uma semana antes do possível contato com o vírus da encefalite japonesa.
A vacina contra encefalite japonesa é recomendada para viajantes que ficam ao ar livre por muito tempo em áreas endêmicas, durante a estação em que a transmissão da infecção é mais provável; no entanto, não é indicado para indivíduos com idade inferior a 18 anos, grávidas e lactantes.
