O pH das fezes é normalmente neutro ou ligeiramente alcalino (6, 8 - 7, 5). Fezes mais ácidas, fisiológicas apenas no recém-nascido, podem indicar infecções intestinais (Escherichia coli, rotavírus) ou distúrbios digestivos, como intolerância à lactose ou gordura (esteatorreia por insuficiência pancreática ou estase biliar).
Se o pH das fezes tende a aumentar na presença de disbiose de putrefação, tende a diminuir na presença de disbiose fermentativa, cujas causas de origem se encontram na ingestão excessiva de carboidratos ou em uma má absorção do mesmo (doença celíaca) . Mesmo na presença de ingestão lipídica abundante, em dietas vegetarianas e em jejum prolongado, o pH das fezes torna-se ácido.
Para evitar distorcer os resultados do exame, as fezes não devem ser contaminadas com urina e devem ser rapidamente refrigeradas para evitar amônia urinária e bactérias putrefativas tornam o pH fecal alcalino.