O cheiro das fezes está principalmente ligado a processos de putrefação que afetam os aminoácidos que escaparam da absorção intestinal. Esses nutrientes são de fato interceptados pelas bactérias do cólon, passando por um processo de descarboxilação que produz as seguintes aminas tóxicas:
arginina → agmatina
cistina e cisteína → mercaptano
histidina → histamina
lisina → cadaverina
ornitina → putrescina
tirosina → tiratina
triptofano → indole e caixa
Muitas destas substâncias conferem às fezes um odor particularmente desagradável.
A diarréia e as fezes do vegetariano são mal-cheirosas.
Fezes de peixes ou espermatozóides são característicos de disenteria bacilar, cólera e, mais geralmente, mucorréia.
Em resumo, o cheiro de fezes é influenciado por hábitos alimentares (quantidade de proteínas, alimentos aromáticos como alho ou cebola, etc.), pela flora intestinal bacteriana, pelo estado de saúde e por hábitos particulares (como fumar ou mascar tabaco). . Em geral, o consumo de refeições pequenas e bem equilibradas, sem associar quantidades importantes de alimentos "incompatíveis" (ver dieta dissociada), ajuda a otimizar os processos digestivos, reduzindo a incidência de distúrbios como meteorismo e flatulência, e dando às fezes uma cheiro sui generis.
Vale a pena receber atenção médica em todos os casos em que o odor defeituoso das fezes é acompanhado por sintomas como negro, catramose ou fezes claras, presença de sangue, febre, calafrios, fortes cãibras abdominais, presença abundante de muco nas fezes e perda de peso.